La Moldavie compte 16 établissements d'enseignement supérieur, 11 publics et 5 privés. 12 d'entre eux sont installés à Chisinau, les autres à Balti, Cahul, Comrat et Taraclia. Le pays applique le schéma licence, master, doctorat et le système de crédits transférables. Les candidatures passent par une plateforme nationale d'admission en ligne et les sessions s'ouvrent fin juillet.
Environ 62 900 étudiants étaient inscrits à la rentrée 2025. La licence en rassemble 74,2 %, le master 16,9 % et les cursus intégrés, médecine en tête, 8,9 %. Les femmes forment 58,2 % des inscrits et près des deux tiers des étudiants suivent un cursus à temps plein. Le corps enseignant compte 3 600 personnes, dont 55 % de docteurs.
Le droit, la gestion et l'administration des affaires captent 41,3 % des inscriptions en licence, loin devant l'ingénierie, l'architecture et la construction, puis les sciences de l'éducation. Les sciences naturelles, les mathématiques et l'agronomie ne pèsent guère plus de 1 % des effectifs. Les filières informatiques ont reculé de 2 points en un an, alors même que le secteur recrute.
Quelque 6 400 étudiants étrangers suivaient un cursus moldave en 2025-2026. Ils viennent surtout de Roumanie, d'Inde et d'Ukraine. La médecine et la pharmacie expliquent une large part de ces arrivées.
Chaque université dispose de places financées par l'État, attribuées au mérite, et de places payantes. Les frais annuels en licence s'échelonnent d'environ 6 600 à 70 000 lei selon la spécialité. La stomatologie est la plus chère, devant le chant académique et la médecine. Le droit à l'université d'État revient à 18 000 lei et l'architecture à l'université technique à 23 000 lei.
L'Académie des sciences de Moldavie, créée en 1961, organise la recherche en six sections, des sciences biologiques et médicales aux sciences économiques, humaines et agricoles. Les réformes engagées en 2025 ont ouvert de nouvelles spécialités, lancé un pôle santé à l'université de médecine et financé la modernisation des campus. Un système national permet désormais de vérifier les diplômes en ligne.
Sept universités moldaves sont membres de l'Agence universitaire de la Francophonie, parmi lesquelles l'université d'État, l'université technique, l'université de médecine et de pharmacie, l'université pédagogique Ion Creanga et l'Académie d'études économiques. L'AUF anime plusieurs implantations à Chisinau et y organise un forum des formations et de l'employabilité francophones.
Voici les principaux établissements publics de la ville.
Côté privé, la capitale accueille notamment l'Université libre internationale de Moldavie, l'Université coopératiste et commerciale et l'Université d'études politiques et européennes Constantin Stere.